一個熒光蛋白的遺傳變異廣泛，功能幾乎跨越整個可見光譜的熒光顯微鏡的熒光發射光譜剖面在過去幾年已開發。在原來的水母蛋白的廣泛突變的努力產生了新的熒光探針，從藍色到黃色和一些體內記者分子生物學研究中使用較廣泛的色彩范圍。波長較長的熒光蛋白，橙色和紅色光譜區域發光，已開發海洋的海葵Discosoma芨和珊瑚，屬于類Anthozoa。還有一些物種已被開采產生類似的蛋白質，有青色，綠色，黃色，橙色，紅色，和遠紅光的熒光發射。發展研究正在努力提高亮度和熒光蛋白的穩定性，從而提高他們的整體效用。

在廣泛的顯微鏡的熒光蛋白光譜多樣性的認識至關重要的發現迄今結構調查，立體的熒光性質和熒光性質及其周邊環境的的影響。除了水母蛋白，似乎是一個變異的紅移熒光蛋白的熒光團的高度。即使通過DsRed的熒光團的配置，稱為平面順，似乎是在發出橙色和紅色區域的大多數蛋白質的主要結構，有至少有兩個額外的圖案，平面反式和非平面反，已鑒定通過X -射線衍射研究。紅色熒光蛋白eqFP611 Entacmaea quadricolor孤立的，它顯示一個較大的斯托克斯位移和自然發生的任何Anthozoan熒光蛋白的紅移發射波長型材，被發現在一個平面的跨主題。相比之下，非平面反式構象的非熒光的Montipora efflorescens Rtms5 chromoprotein的特點。